Espectrometría de masas

Nuestro laboratorio posee un espectrómetro de masas híbrido (cuadrupolo-tiempo de vuelo o QTOF) de alta resolución: Agilent 6530 Accurate Mass Q-TOF con fuente de ionización por nanospray

Cromatografía de líquidos

El espectrómetro de masas 6530 está acoplado a un cromatógrafo de líquidos Agilent 1260 con una interface CHIP Cube que ofrece comúnmente un flujo de 300 nL/min.

Preparación de la muestra

Dependiendo del tipo de muestra - tejido, células en cultivo, entre otros- y análisis, utilizamos kits comerciales o métodos estandarizados por nuestro grupo de trabajo.

Para estudios proteómicos de tipo "bottom-up”, cuantificamos las proteinas extraídas y los péptidos trípticos generados para asegurar un análisis reproducible de las muestras (normalización a nivel de muestra). No utilizamos Nanodrop, ya que NO ofrece una buena precisión ni exactitud para la determinación de péptidos trípticos."

Proteómica

Aldo Moreno-Ulloa, Vareska L. Zárate-Córdova, Israel Ramírez-Sánchez, Juan Carlos Cruz-López, Andric Perez-Ortiz, Cynthia Villarreal-Garza, José Díaz-Chávez, Benito Estrada-Mena, Bani Antonio-Aguirre, Perla Ximena López-Almanza, Esmeralda Lira-Romero, and Fco. Javier Estrada-Mena Evaluation of a Proteomics-Guided Protein Signature for Breast Cancer Detection in Breast Tissue. Journal of Proteome Research Article ASAP doi: 10.1021/acs.jproteome.4c00295

Aldo Moreno-Ulloa, Vareska L. Zárate-Córdova, Israel Ramírez-Sánchez et al. Quantitative Proteomics of Breast Benign and Malignant Tumors Reveals a Malignancy Signature, 25 November 2023, PREPRINT (Version 1) available at Research Square. doi: 10.21203/rs.3.rs-3622132/v1

Ramirez-Sanchez, I., Navarrete-Yañez, V., Garate-Carrillo, A., Loredo, M., Lira-Romero, E., Estrada-Mena, J., Campeau, A., Gonzales, D., Carrillo-Terrazas, Marvic., Moreno-Ulloa, A., Ceballos, G., Villarreal, F. Development of muscle atrophy and loss of function in a Gulf-War illness model: underlying mechanisms. Scientific Reports 10, 14526 (2020). doi: 10.1038/s41598-020-71486-w 

Hilda Carolina Delgado de la Herran, et al., Formation of multinucleated variant endothelial cells with altered mitochondrial function in cultured coronary endothelium under simulated diabetes. bioRxiv. 2019. doi: 10.1101/622407

Metabolómica

Alan G. Hernández-Melgar, Abraham Guerrero, Aldo Moreno-Ulloa. Chronic Exposure to Petroleum-Derived Hydrocarbons Alters Human Skin Microbiome and Metabolome Profiles: A Pilot Study. Journal of Proteome Research. 2024. doi: 10.1021/acs.jproteome.4c00256

Víctor Manuel Flores-Núñez, David Alfonso Camarena-Pozos, José Daniel Chávez-González, Raúl Alcalde-Vázquez, María Nélida Vázquez-Sánchez, Alan Gerardo Hernández-Melgar, Jorge Xool-Tamayo, Aldo Moreno-Ulloa and Laila Pamela Partida-Martinez. Synthetic communities increase microbial diversity and productivity of Agave tequilana plants in the field. Phytobiomes Journal. (2023). doi: 10.1094/PBIOMES-01-23-0001-R

Montoya-Inzunza LA, Moreno-Ulloa A, Carballo-Castañeda RA, Xool-Tamayo J, Contreras-Angulo LA, Leyva-López N, Antunes-Ricardo M, Gonzalez-Galaviz JR, Heredia JB, Gutiérrez-Grijalva EP. Metabolomic Characterization of Phoradendron brachystachyum Mistletoe and In-Silico and In-Vitro Investigation of Its Therapeutic Potential in Metabolic Disorders. Plants. 2023; 12(14):2729. doi: 10.3390/plants12142729

Justina P. Nguyen, Israel Ramirez-Sanchez, Alejandra Garate-Carrillo, Viridiana Navarrete-Yañez, Rommel A. Carballo-Castañeda, Guillermo Ceballos, Aldo Moreno-Ulloa, Francisco Villarreal. (2023) Effects of aging and type 2 diabetes on cardiac structure and function: Underlying mechanisms. Experimental Gerontology. 173:112108. doi:10.1016/j.exger.2023.112108

Contreras-Angulo LA, Moreno-Ulloa A, Carballo-Castañeda RA, León-Felix J, Romero-Quintana JG, Aguilar-Medina M, Ramos-Payán R, Heredia JB. (2022) Metabolomic Analysis of Phytochemical Compounds from Agricultural Residues of Eggplant (Solanum melongena L.). Molecules. 27(20):7013. 10.3390/molecules27207013

Meza-Villezcas A, Carballo-Castañeda RA, Moreno-Ulloa A, Huerta-Saquero A. (2022) Metabolomic Profiling of the Responses of Planktonic and Biofilm Vibrio cholerae to Silver Nanoparticles. Antibiotics. 11(11):1534. 10.3390/antibiotics11111534

Moreno-Ulloa A, Delgado-De la Herrán HC, Álvarez-Delgado C, Mendoza-Porras O, Carballo-Castañeda RA, Donis-Maturano L, Villarreal F. (2022). Multi-omics study identifies novel signatures of DNA/RNA, amino acid, peptide, and lipid and metabolism by simulated diabetes on coronary endothelial cells. Scientific Reports 12(1):12027. doi: 10.1038/s41598-022-16300-5

Jiménez-Gómez I, Valdés-Muñoz G, Moreno-Ulloa A, Pérez-Llano Y, Moreno-Perlín T, Silva-Jiménez H, Barreto-Curiel F, Sánchez-Carbente MDR, Folch-Mallol JL, Gunde-Cimerman N, Lago-Lestón A, Batista-García RA. (2022) Surviving in the Brine: A Multi-Omics Approach for Understanding the Physiology of the Halophile Fungus Aspergillus sydowii at saturated NaCl Concentration. Frontiers in Microbiology 2;13:840408. doi: 10.3389/fmicb.2022.840408

Ramirez-Sanchez I, Navarrete-Yáñez V, Garate-Carrillo A, Lara-Hernandez M, Espinosa-Raya J, Moreno-Ulloa, A, Gomez-Diaz B, Cedeño-Garcidueñas AL, Ceballos G, Villarreal F. (2021) Resotarative potential of (-)-epicatechin in a rat model of Gulf War illnes muscle atrophy and fatigue. Scientific Reports 8, 21861. doi: 10.1038/s41598-021-01093-w.

Villa-Rodríguez, E., Moreno-Ulloa, A., Castro-Longoria, E., Parra-Cota, F.I., De los Santos-Villalobos, S. (2021) Integrated omics approaches for deciphering antifungal metabolites produced by a novel Bacillus species,B. cabrialesii TE3T, against the spot blotch disease of wheat (Triticum turgidum L. subsp. durum) Microbiological Research, Volume 251, 126826. doi: 10.1016/j.micres.2021.126826

Moreno-Ulloa A, Sicairos Diaz V, Tejeda-Mora JA, Macias Contreras MI, Castillo FD, Guerrero A, Gonzalez Sanchez R, Mendoza-Porras O, Vazquez Duhalt R, Licea-Navarro A. 2020. Chemical profiling provides insights into the metabolic machinery of hydrocarbon-degrading deep-sea microbes. mSystems 5:e00824-20. doi: 10.1128/mSystems.00824-20

Allegra T. Aro, Emily Gentry,Kerry L. McPhail, Louis Felix Nothias, Mélissa Nothias-Esposito, Amina Bouslimani, Daniel Petras, Julia M. Gauglitz, Nicole Sikora, Fernando Vargas, Justin J. J. van der Hooft, Madeleine Ernst, Kyo Bin Kang,Christine M. Aceves, Andrés Mauricio ,Caraballo-Rodríguez, Irina Koester, Kelly C. Weldon, Samuel Bertrand, Catherine Roullier, Kunyang Sun, Richard M., Tehan Cristopher A. Boya, Christian Martin H., Marcelino Gutiérrez, Aldo Moreno Ulloa, Javier Andres Tejeda Mora, Randy Mojica-Flores, Johant Lakey-Beitia, Victor Vásquez-Chaves, Angela I. Calderón, Nicole Tayler, Robert A. Keyzers, Fidele Tugizimana, Nombuso Ndlovu, Alexander A. Aksenov, Alan K. Jarmusch, Robin Schmid, Andrew W. Truman, Nuno Bandeira, Mingxun Wang, and Pieter Dorrestein. Reproducible molecular networking of untargeted mass spectrometry data using GNPS. Nature Protocols. (2020). doi: 10.1038/s41596-020-0317-5 

Rubio-Elizalde I, et al., Scaffolds based on alginate-PEG methyl ether methacrylate-Moringa olefeira-Aloe vera for wound healing applications. Carbohydr Polym. 2019;15:455-467. doi: 10.1016/j.carbpol.2018.11.027

Estudios farmacocinéticos

Moreno-Ulloa A, et al., A pilot study on clinical pharmacokinetics and preclinical pharmacodynamics of (+)-epicatechin on cardiometabolic endpoints. Food&Function. 2018;9(1):307-319. doi: 10.1039/c7fo01028a

Barnett CF, et al., Pharmacokinetic, partial pharmacodynamic and initial safety analysis of (-)-epicatechin in healthy volunteers. Food & Function. 2015 Mar 11;6(3):824-33. doi: 10.1039/C4FO00596A