Espectrometría de masas

Nuestro laboratorio posee dos espectrómetros de masas híbridos (cuadrupolo-tiempo de vuelo) de alta resolución:

1. TripleTOF 5600+ (AB Sciex), con fuentes de ionización por electrospray (ESI) e ionización química a temperatura ambiente (APCI).

2. 6530 Accurate Mass Q-TOF (Agilent) con fuente de ionización por nanospray, ESI y APCI.

Cromatografía de líquidos

El espectrómetro de masas Triple TOF 5600+ está acoplado a un cromatógrafo de líquidos Eksigent nanoLC® 400 system (AB Sciex) que ofrece varios rangos de flujos: 100-1000 nL/min, 1-10 µL/min y 5-50 µL/min.

El espectrómetro de masas 6530 está acoplado a un cromatógrafo de líquidos Agilent 1260 con una interface CHIP Cube que ofrece comúnmente un flujo de 300 nL/min.

Preparación de la muestra

Dependiendo el tipo de muestra y (tejido, células en cultivo, etc. ) y análisis, utilizamos métodos comerciales o estandarizados por nosotros para el procesamiento de la muestra.

Para estudios proteómicos  tipo bottom-up, empleamos mediciones a nivel de proteínas y péptidos durante el procesamiento de la muestra. No utilizamos Nanodrop ya que no ofrece una buena precisión ni exactitud para la determinación de péptidos trípticos.

Proteómica

Ramirez-Sanchez, I., Navarrete-Yañez, V., Garate-Carrillo, A., Loredo, M., Lira-Romero, E., Estrada-Mena, J., Campeau, A., Gonzales, D., Carrillo-Terrazas, Marvic., Moreno-Ulloa, A., Ceballos, G., Villarreal, F. Development of muscle atrophy and loss of function in a Gulf-War illness model: underlying mechanisms. Scientific Reports 10, 14526 (2020). doi: 10.1038/s41598-020-71486-w 

Hilda Carolina Delgado de la Herran, et al., Formation of multinucleated variant endothelial cells with altered mitochondrial function in cultured coronary endothelium under simulated diabetes. bioRxiv. 2019. doi: 10.1101/622407

Metabolómica

Moreno-Ulloa A, Sicairos Diaz V, Tejeda-Mora JA, Macias Contreras MI, Castillo FD, Guerrero A, Gonzalez Sanchez R, Mendoza-Porras O, Vazquez Duhalt R, Licea-Navarro A. 2020. Chemical profiling provides insights into the metabolic machinery of hydrocarbon-degrading deep-sea microbes. mSystems 5:e00824-20. doi: 10.1128/mSystems.00824-20

Allegra T. Aro, Emily Gentry,Kerry L. McPhail, Louis Felix Nothias, Mélissa Nothias-Esposito, Amina Bouslimani, Daniel Petras, Julia M. Gauglitz, Nicole Sikora, Fernando Vargas, Justin J. J. van der Hooft, Madeleine Ernst, Kyo Bin Kang,Christine M. Aceves, Andrés Mauricio ,Caraballo-Rodríguez, Irina Koester, Kelly C. Weldon, Samuel Bertrand, Catherine Roullier, Kunyang Sun, Richard M., Tehan Cristopher A. Boya, Christian Martin H., Marcelino Gutiérrez, Aldo Moreno Ulloa, Javier Andres Tejeda Mora, Randy Mojica-Flores, Johant Lakey-Beitia, Victor Vásquez-Chaves, Angela I. Calderón, Nicole Tayler, Robert A. Keyzers, Fidele Tugizimana, Nombuso Ndlovu, Alexander A. Aksenov, Alan K. Jarmusch, Robin Schmid, Andrew W. Truman, Nuno Bandeira, Mingxun Wang, and Pieter Dorrestein. Reproducible molecular networking of untargeted mass spectrometry data using GNPS. Nature Protocols. (2020). doi: 10.1038/s41596-020-0317-5 

Moreno-Ulloa, Aldo, et al., Metabolic and metagenomic profiling of hydrocarbon-degrading microorganisms obtained from the deep biosphere of the Gulf of Mexico. bioRxiv. 2019. doi: 10.1101/606806.

Rubio-Elizalde I, et al., Scaffolds based on alginate-PEG methyl ether methacrylate-Moringa olefeira-Aloe vera for wound healing applications. Carbohydr Polym. 2019;15:455-467. doi: 10.1016/j.carbpol.2018.11.027

Estudios farmacocinéticos

Moreno-Ulloa A, et al., A pilot study on clinical pharmacokinetics and preclinical pharmacodynamics of (+)-epicatechin on cardiometabolic endpoints. Food&Function. 2018;9(1):307-319. doi: 10.1039/c7fo01028a

Barnett CF, et al., Pharmacokinetic, partial pharmacodynamic and initial safety analysis of (-)-epicatechin in healthy volunteers. Food & Function. 2015 Mar 11;6(3):824-33. doi: 10.1039/C4FO00596A