6º Taller de Bioinformática

Explorando genomas y metagenomas microbianos y virales para aplicaciones biotecnológicas usando IMG

(Mining Microbial and Viral Genomes and Metagenomes for Biotechnological Applications using IMG)

30 de septiembre y 1° de octubre de 2019

Centro de Investigación Científica y de Educación Superior de Ensenada, B.C.

Introducción

La secuenciación de genomas es, hoy en día, una tecnología ampliamente accesible; sin embargo, todavía existe una gran brecha entre secuenciación y el descubrimiento biológico. Este taller ayudará a cerrar esa brecha proporcionando el acceso a datos, herramientas y estrategias que permitan realizar inferencias a partir de las secuencias. Los participantes aprenderán a usar la interfaz Integrated Microbial Genomes (IMG) del Joint Genome Institute, para el análisis comparativo de genomas y metagenomas, realizando ejercicios prácticos, así como el uso de la base de datos IMG/VR, que es el repositorio más grande de secuencias virales procedentes de muestras metagenómicas.

Entre los escenarios típicos a los que se dirige el descubrimiento de genes se encuentran áreas como la biorremediación, los biocombustibles y otras. Específicamente, en este taller los participantes aprenderán a: 1) consultar, recuperar y descargar datos de secuencias, datos ambientales y otros metadatos, y anotaciones; 2) utilizar la (meta) genómica comparativa y herramientas de visualización y 3) evaluar las anotaciones funcionales e interpretar resultados.

Información

Dirigido a:

Estudiantes de posgrado, investigadores y personas interesadas.

Perfil de los participantes:

Conocimientos de biología molecular. Domino básico del idioma inglés.

Objetivos:

Aprender a usar la interfaz Integrated Microbial Genomes (IMG) del JGI, para el análisis y comparación de genomas y metagenomas ambientales..

Sede:

Aula de Cómputo, Departamento de Telemática, CICESE.

Idioma:

Inglés

Cupo máximo:

25 participantes

Programa tentativo

*Pueden existir ligeras variaciones dependiendo de la experiencia de los participantes.

Day 1	Comparative Genomic
9:00-10:30	JGI and IMG Introduction IMG Navigation Overview (DP)
10:30-10:45	DESCANSO
10:45-11:30	Intro to Functional Annotation, Comparative Genomics (RS)
11:30-1:00	IMG Hands-On – Comparative genomics
1:00-2:00	COMIDA
2:00-3:30	IMG Hands-On (continued)
3:30-3:45	DESCANSO
3:45-4:45	Seminario
4:45-5:00	Q&A
Day 2	Metagenome-based Discovery
9:00-10:00	Metagenomic Data & Tools in IMG (DP)
10:00-11:00	Case Study: Hellenic Volcanic Arc Metagenome
11:00-11:15	DESCANSO
11:15-1:00	IMG/M – Hands-On
1:00-2:00	COMIDA
2:00-3:00	IMG/M – Hands-On (continued)
3:00-3:15	DESCANSO
3:15-4:15	IMG/VR (virus database)
4:15-4:30	Submitting Data to IMG (DP)
4:30-4:45	JGI Science Programs (RS)
4:45-5:00	Q&A

Profesores

Dr. David Páez-Espino
CV

Research Scientist
Scientific Programs, Genetic Analysis
DOE Joint Genome Institute

www.jgi.doe.gov

Dra. Rekha Seshadri
CV

Bioinformatics Data Scientist
DOE Joint Genome Institute

www.jgi.doe.gov

Inscripción

Costo: $2,000.00 MN estudiantes de posgrado*
$3,000.00 MN resto de participantes*

*si se necesita factura se acrecentará el IVA.
A partir del 15 de septiembre los precios se incrementan en 500 pesos

La inscripción incluye las comidas y los cafés durante el curso

Contacto

Información general:

Dra. María Asunción Lago Lestón

M.C. Yamne Ortega

Laboratorio de Metagenómica
Departamento de Innovación Biomédica
taller-bioinformatica@cicese.mx, alago@cicese.mx

Inscripciones:

C.P Adriana Mejía
M.C. Yamne Ortega

amejia@cicese.mx

taller-bioinformatica@cicese.mx

Organización

Laboratorio de Metagenómica

Departamento de Cómputo

Comité Organizador**

**Dra. María Clara Arteaga, Dr. Carlos Brizuela, Dr. Miguel Angel del Río, Dra. Clara Elizabeth Galindo, Dra. Rufina Hernández, Dra. Fabiola Lafarga y Dra. Asunción Lago